Setelah berhasil meraih gelar magister, saudara laki-laki dari Ardi Bakrie mengawali karier di sektor perbankan investasi bersama Salomon Brothers di Amerika Serikat. Tak lama setelah itu, ia kembali ke Indonesia dan menjabat sebagai Wakil Direktur Utama serta Managing Director di Bakrie & Brothers.
Anindya Bakrie kemudian memperluas karirnya di industri media. Ia menjadi salah satu tokoh kunci di perusahaan Cakrawala Andalas Televisi (ANTV). Pada tahun 2007, Anindya melakukan akuisisi terhadap stasiun televisi Lativi Media Karya dan menggantinya menjadi TV One.
Sebagai anak tertua Aburizal Bakrie, ia juga menjabat sebagai Komisaris Utama di PT VKTR Teknologi Mobilitas, sebuah anak perusahaan dari Bakrie Group. Sejak tahun 2018, Anindya juga menjabat sebagai Komisaris Utama di PT Bakrie & Brothers Tbk. ***